Hệ thống phòng thủ tại El Alamein

Alamein vốn là một trạm xe lửa nhỏ cạnh bờ biển. Cách đó 16 km về phía nam là đỉnh Ruweisat, một ngọn núi đá thấp nhưng vẫn là vị trí quan sát tuyệt vời bao quát suốt nhiều dặm sa mạc xung quanh. Vùng Đất trũng Qattara nằm cách đó 32 km về phía nam. Phòng tuyến mà quân Anh chọn để phòng thủ kéo dài từ biển đến vùng Đất trũng Qattara, nghĩa là Rommel chỉ có thể bọc sườn họ bằng cách đi vòng thật rộng về phía nam và vượt qua sa mạc Sahara. Quân đội Anh ở Ai Cập đã nhận thấy được điều này từ trước chiến tranh[16] và đã cho Tập đoàn quân 8 bắt đầu xây dựng nhiều "cái hộp" (những vị trí với hầm trú ẩn, được bao quanh bởi bãi mìn và dây thép gai), nhất là ở quanh trạm xe lửa tại Alamein. Tuy nhiên, phần lớn "phòng tuyến" lại là vùng sa mạc trống trải.[17] Trung tướng William Norrie (Đại tướng Tư lệnh Quân đoàn XXX Anh) đã bố trí các vị trí và bắt đầu xây dựng 3 "hộp" phòng thủ. Cái đầu tiên và cũng là mạnh nhất nằm tại El Alamein cạnh bờ biển, được Sư đoàn 1 Nam Phi chăng dây thép gai và rải mìn. Hộp thứ hai tại Bab el Qattara, cách bờ biển 32 km và cách đỉnh Ruweisat 13 km về phía tây nam, đã đào hào nhưng chưa có dây thép và mìn, còn hộp thứ ba tại Naq Abu Dweis cách bờ biển 55 km (trên rìa Đất trũng Qattara) có rất ít công trình được thiết lập.[17]

Vị thế của người Anh tại Ai Cập lúc này đang rất nguy kịch. Thất bại thảm hại tại Mersa Matruh đã gây nên sự hoảng loạn tại đại bản doanh quân Anh ở Cairo. Vào cái ngày bị gọi đùa là "Thứ tư Lễ Tro", tại tổng hành dinh quân Anh, trong các đơn vị dàn quân phía sau và cả ở sứ quán Anh, người ta cuống cuồng thiêu hủy giấy tờ bảo mật do tưởng rằng phe Trục sắp tiến quân vào thành phố. Dù tin là có thể ngăn được Rommel tại Alamein nhưng Auchinleck vẫn thấy rằng cũng không thể bỏ qua khả năng mình sẽ bị thua về năng lực quân sự một lần nữa. Vì vậy, ông tin rằng để bảo toàn lực lượng thì phải lập kế hoạch cho cả khả năng rút lui xa hơn nữa mà vẫn duy trì sĩ khí và không để mất đi sự hợp tác và hỗ trợ từ phía người Ai Cập. Các vị trí phòng thủ đã được xây dựng ở phía tây Alexandria và trên những đường dẫn đến Cairo trong khi những khu vực lớn khác thuộc đồng bằng sông Nin đã bị ngập lụt.[18] Cả phe Trục cũng tin rằng họ sắp chiếm được Ai Cập; lãnh tụ Ý là Benito Mussolini — cảm thấy đây là một thời điểm lịch sử — đã bay tới Libya để chuẩn bị chuyến đi chiến thắng khải hoàn đến Cairo.[19]

Việc Quân đoàn X phân tán tại Mersa Matruh đã phá hỏng kế hoạch chiếm cứ hệ thống phòng thủ tại Alamein của Auchinleck. Ngày 29 tháng 6, ông ta ra lệnh cho Quân đoàn XXX — gồm các sư đoàn bộ binh số 1 của Nam Phi, số 5 của Ấn Độ và số 10 của Anh — chiếm lĩnh khu duyên hải bên phải mặt trận; và Quân đoàn XIII — gồm các Sư đoàn số 5 New Zealand và số 5 Ấn Độ — đóng bên cánh trái. Phần còn lại là các Sư đoàn Thiết giáp số 1 và số 7 được tổ chức làm một đội quân dự bị lưu động.[20] Ý định của Auchinleck là dùng các vị trí phòng thủ cố định để đánh lạc hướng và quấy rối cuộc tiến quân của đối phương trong khi các đơn vị cơ động sẽ đánh tập hậu.[21]

Ngày 30 tháng 6, Tập đoàn Panzer châu Phi của Rommel đã tới Alamein. Quân đội phe Trục đã kiệt sức và không còn đủ lực lượng. Rommel đã không ngừng thúc họ tiến lên, tự tin rằng miễn là ông nhanh chóng tấn công trước khi Tập đoàn quân 8 có đủ thời gian ổn định lại thì đà tiến sẽ giúp đưa ông vượt qua vị trí Alamein và sau đó có thể tràn đến sông Nin mà không có thêm nhiều sự kháng cự nữa. Nguồn tiếp tế vẫn là một vấn đề do bộ tham mưu phe Trục ban đầu dự kiến là sẽ tạm dừng 6 tuần lễ sau khi chiếm được Tobruk. Khi việc chiếm giữ đồ tiếp tế tỏ ra có ích, thì nước và đạn dược liên tục thiếu hụt trong khi tình trạng vận tải thiếu hụt ngăn cản việc phân phối số đồ tiếp tế mà quân đội phe Trục đã có.[22]

Kế hoạch tấn công của phe Trục

Kế hoạch của Rommel là cho Sư đoàn Khinh binh 90 và 2 sư đoàn thiết giáp số 15 và 21 của Quân đoàn châu Phi chọc thủng trận tuyến của Tập đoàn quân 8 Anh tại vị trí nằm giữa "hộp" Alamein và Deir el Abyad (ông cho rằng vị trí này có được bảo vệ). Sư đoàn Khinh binh 90 sau đó đã sẽ ngoặt lên hướng bắc, cắt đứt con đường ven biển và đánh kẹp đội quân phòng thủ tại "hộp" Alamein (mà Rommel nghĩ rằng nó được phần còn lại của Sư đoàn Bộ binh Northumbria 50 chiếm giữ) còn Quân đoàn châu Phi sẽ quay sang bên phải để tập hậu Quân đoàn XIII. Một sư đoàn Ý sẽ công kích "hộp" Alamein từ phía tây và 1 sư đoàn khác theo sát Sư đoàn Khinh binh 90. Quân đoàn XX của Ý sẽ đi cùng Quân đoàn châu Phi và tiến đánh "hộp" Qattara trong khi Sư đoàn Thiết giáp Littorio (Ý) và các đơn vị trinh sát Đức bảo vệ bên cánh phải.[23]